Die Kisten der wundersamen Geheimnisse enthalten Portale zum Meer der Verdammten. Sie wurden von Flameheart erschaffen um Befehle an seine Schnitterknochen zu senden und von ihnen Tribut zu erhalten.
Eine Kiste wurde später von Stitcher Jim entdeckt, als er mit der Forsaken Shores Alliance segelte. Als er die Kiste öffnete und hineinschaute, stellte er fest, dass ihr Inhalt unbeschreiblich war und ihn in den Wahnsinn trieb. Flameheart korrumpierte seinen Verstand und daraufhin tötete er alle Crewmitglieder der Allianz mit Ausnahme von Grace Morrow, die Jims Versuch sie zu vergiften überlebte.
Viele Kisten mit wundersamen Geheimnissen sollten später in den Erinnerungen an die Shipwreck Bay während der Ereignisse der Shrouded Islands auftauchen. In den Erinnerungen konnte man den Diener der Flamme und andere Anhänger der Schnitterknochen sehen, wie sie die Kisten schleppten und ihre Siegel brachen. Dies sollte die Risse zwischen den Welten vergrößern um Flameheart wiederzubeleben.
Eine weitere Kiste mit wundersamen Geheimnissen wurde von Amaranta benutzt, um mit der dunklen Bruderschaft zu kommunizieren, welche im Meer der Verdammten festsaßen.
